横浜市立大学精神医学教室の礎を築いた猪瀬正教授の下、当時当大学で子どもの心の診療に携わった平田一成先生や岩田敦子先生が中心となり、全国に先駆ける形で「小児精神神経科」が昭和43年（1968年）11月に設立されました。その後、約50年にわたり運営され続けています。設立当初より、医療-福祉-教育が一体となった子どもへの包括的な診療を心がけています。

附属病院（金沢区福浦）では「精神科」とは独立した診療科として児童精神医学に関する教育、臨床研究、外来診療、地域連携を長らく続けてきました。
当科からは横浜市、神奈川県内だけでなく、日本各地で活躍する児童精神科医および臨床心理士が多く巣立ち、地域医療や学生教育・福祉領域における指導的立場を担っています。

附属市民総合医療センター（南区浦舟町）は旧横浜市大医学部附属浦舟病院の再整備計画の中で、平成12年（2000年）2月にオープンしました。
附属市民総合医療センターのオープンにより児童精神科として8床のベッドを運用できるようになり、外来診療だけでなく入院診療も行えるようになりました。

さらに平成27年4月（2015年）より、附属病院でも附属市民総合医療センターと同様に外来診療に加えて入院診療を行うことになりました。