学内では多要素認証がスキップされるそうですが、学内でしかメールを利用しない場合も、初期設定(電話登録)を行う必要があるのですか?

利用形態に関わらず、全てのメールアドレスで多要素認証の設定をしていただく必要があります。

利用者本人が学内でしかメール利用しない場合でも、仮にフィッシングメール等に引っ掛かり、IDとパスワードが漏洩した場合、攻撃者によって学外から不正アクセスされる危険性があります。