<終了>第11回バイオインフォマティクス研究会「Dynamic Time Warping (DTW) を用いた時系列データからのパターン抽出法」

「Dynamic Time Warping (DTW) を用いた時系列データからのパターン抽出法」

♦概要

講師　:　横浜市立大学　免疫学　特任准教授　中林 潤　先生

日時: 4月25日 (金曜日)　16:00～17:00

場所: 先端医科学研究棟(P棟) 5階 503会議室

演題:「Dynamic Time Warping (DTW) を用いた時系列データからのパターン抽出法」

要旨: 時間の変化に伴う数量の変化を記録した時系列データは、生物学のみならず経済学や工学など様々な分野で扱われる。時系列データの中から類似するパターンを 抽出することによって、今後の動向を予測するといったことが可能となる。サンプル間で類似検索を行うためにはまず類似度を定義する必要がある。類似度とし て最も良く用いられるのはユークリッド距離であるが、時系列データに適応するにはサンプル間のデータ長が等しくなければならない。また、時間軸方向のずれ の影響を受けるなどの問題もある。今回はサンプル間のデータ長を整合させ類似度を計測する Dynamic Time Warping (DTW) という手法を用いて、時系列データから特定のパターンを抽出する方法について解説する。まずDTWの原理や計算方法について簡単に説明し、データベースか ら取得したマイクロアレイデータを用いて、遺伝子発現の時間発展パターンを抽出する方法について例示する。

事前のご予約は不要ですので、直接ご参加ください。

チラシ

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♦お問い合わせ先

バイオインフォマティクス解析室
内線:2321
中林　潤(nakabaya@yokohama-cu.ac.jp)
田村智彦(tamurat@yokohama-cu.ac.jp)

バイオインフォマティクス研究会について

トランスレーショナルリサーチのために必須である網羅的解析技術の需要はますます高まっています。その需要に応えるとともに本学のバイオイン フォマティクス推進のためバイオインフォマティクス解析室が設置されました。本解析室を母体とした研究会では学内学の講師による講演あるいはワークショッ プ形式で、拠点および本学でのバイオインフォマティクスの更なる活用に向けて活動しています。

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