共同利用(RNA-seq受託解析)のお知らせ

横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」共同利用のお知らせ

本拠点では共同利用として、学内の研究者を対象としたRNA-seqの受託解析を行います。2020年度は9月から11月までの3ヶ月間に、各月20サンプルを受け付けます。受付・解析期間の詳細な予定は下記の通りです。

9月受付分
受付期間:9/1(火)〜9/30(水)
解析期間:10/1(木)〜10/30(金)

10月受付分
受付期間:10/1(木)〜10/30(金)
解析期間:11/2(月)〜11/30(月)

11月受付分
受付期間:11/2(月)〜11/30(月)
解析期間:12/1(火)〜12/28(月)

受付サンプル数:各月20サンプル
(申込順に担当者から折り返し連絡を致します。各月の受注数が20サンプルとなった時点で受付を終了します。解析期間終了後にデータ納品を行います。)

概要
・解析方法:mRNAを対象としたストランド特異的RNA-seq
・対象生物種:ヒト、マウス
・受託内容:RNAのクオリティチェック、ライブラリー作成、シーケンス、データ解析
・シーケンス条件:75bのシングルエンドシーケンス、約2000万リード(平均)
・データ解析:ゲノムマッピング、遺伝子発現量解析
・費用:50,000円/サンプル

サンプル条件
・サンプルの種類:トータルRNA (RNase-free waterに溶解してください。)
・RNA量:500 ng以上
・濃度:25 ng/µL以上
・精製度:O.D.260/280、O.D.260/230 ともに1.8以上

サンプルについての注意事項
・文部科学省の「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」(カルタヘナ法)におけるP1またはP2レベルのサンプルに限ります。
・トータルRNAは市販のRNA精製カラムまたはRNA精製磁気ビーズベースで精製してください。
・本拠点ではRNAの精製は行いません。また、サンプル受領後の再精製も行いません。
・全血由来のRNAにはグロビンmRNAが多量に含まれます。市販のキットを用いたグロビンmRNAの除去をお薦めします。
・受領したRNAは、バイオアナライザーによるクオリティチェックを行います。もし問題が見つかった場合には、ご連絡いたします。
・Carrier RNAは添加しないでください。

ライブラリー調整、シーケンス
・ライブラリー調整キット:アジレント社 SureSelect Strand Specific RNAライブラリ調製キット
・次世代シーケンサー:イルミナ社 NextSeq 500

データ解析・提供
・マッピング:STAR(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23104886)
・リファレンス配列:hg38(ヒト)、mm10(マウス)
・遺伝子発現量解析:RSEM(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21816040)
・納品物:リード情報(FASTQ)、遺伝子発現量データ(テキストファイル)
・データ提供方法:YCUメールシステム内OneDriveでのファイル共有で提供、個人情報保護に関する取扱いが必要な場合はUSBメモリにて提供。

支払いが可能な研究費
・科学研究費、奨学寄附金(民間財団の研究助成金など)、民間の受託研究・共同研究費、基礎研究費、かもめプロジェクト助成金、戦略的学術研究推進費

その他注意事項
・ヒト生体試料の申込について
 個人情報に関わるサンプルは倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いることの承認を受けた上で行うこととし、かつ委託者の責任において匿名化されたものに限らせていただきます。本拠点では、試料を適切に管理した上で解析を行い、本解析内容を超えた利用は行いません。また、解析委託を受けた者以外へ試料・情報の提供や、業務上知り得た情報を、委託を受けた者以外へ提供いたしません。

・マウス生体試料の申込について
 動物実験委員会での動物実験の承認を受けた上で行うこととします。

・受注後のキャンセルについて
 解析受注後、実作業に入ってからのキャンセルはお受けできません。
 サンプル受領後のクオリティチェックで問題が見つかった場合など、サンプルに問題がある場合は、ご連絡いたします。もし解析を取りやめる場合は、実作業分の費用を負担していただきます。また、クオリティが十分でないサンプルのシーケンスを行う場合には、データ量や質が想定値に達しない場合があることを、ご了承ください。その他、解析中に不測の事態が生じた場合にもご連絡いたします。

・サンプルの受け渡し
 受注確定後、サンプル受け渡しについて担当者から日程調整の連絡をいたします。RNAは、RNase-free 1.5 mLチューブに保存してください。受け渡しの際には、サンプルシートのコピーを添付してください。また、サンプルチューブの蓋には、サンプルシートと対応したサンプルNo.を記入してください。

・支払い
 当拠点より請求書を発行いたしますので、支払いをお願いいたします。料金の支払いは解析データ報告後となるため、科学研究費など研究期間に制限のある予算の場合にはご注意ください。支払い方法によっては、お引き受け出来ない場合もあります。

・納期
 今回は上記の予定で試行実施を行い、解析が終了次第ご連絡いたします。ライブラリー調整やシーケンスの作業が原因で問題が生じた場合には、無償で再実験を致しますが、その場合には納期が遅れることがあります。また、解析機器に故障が生じた場合には、納期が大幅に延長する、あるいは解析を中止させていただく場合があります。

・サンプル・データの保存
 解析で使用した残サンプル、ライブラリー調整過程のサンプルは一定期間保管し、期限を過ぎたものは適切に廃棄処分致します。返却を希望される場合には、事前にご相談ください。また、シーケンスデータも一定期間保存し、期限を過ぎたものは消去致します。

・その他
 申込内容に不備、又は虚偽の記載がある場合は、申込をお断りします。

受託解析要項
こちらもお読みください。

解析の申込み
こちらから申込みフォームにご記入ください。(サンプルシートは申込みフォームのページからダウンロードしてください。)
・申込みフォームとサンプルシートの送信後、担当者から折り返しご連絡致します。サンプル情報についての確認などが済み次第、受注となります。