研究室の様子・研究設備

研究室

居室

PCとデスクが用意されます。論文執筆、論文検索、研究発表資料のまとめなどを行います。

実験室

構造解析のためのタンパク質試料の調製、Bufferなどの試薬調製、電気泳動などを行います。

国際交流

共同研究者のPierre-Antoine Defossez先生 (Paris Diderot University) が2019年12月に来日し、Mini Lab Seminarを行いました。
Ferry Mol Cell 2017, Kori Structure 2019, Kori BMC 2021, Kikuchi Nature Communications 2022 で共著論文を発表し、現在も共同研究が続いています。

学生の活躍

国内外の学会で積極的に発表してます。学生も口頭発表してます。
エピジェネティクス研究会、日本分子生物学会、蛋白質科学会、日本生化学会など。
様々な学会で数多くの学生が優秀発表賞を獲得してます。

実験設備

精製：AKTA go（Cytiva社 3台保有）

タンパク質精製の装置です。精製の中盤から後半で使用します。イオン交換カラム、疎水性カラム、グルろ過カラムなどを装置につなげて精製します。エアセンサ―がついており、サンプルのカラムへのロード、カラムの洗浄、サンプルの溶出の一連の流れを自動でできます。タンパク質精製は日常的に行うので、常に稼働している装置です。
※すべての論文で使用

精製：AKTA pure（Cytiva社 1台保有）

タンパク質の最終精製や高分離 (強イオンカラムを使用) を目指す時に使います。分離能の高いゲルろ過カラムであるINCREASEカラム (Cytiva社) を用いてタンパク質の性状解析にも使います。
※すべての論文で使用

結晶化：タンパク質微量結晶化装置 Crystal Gryphon（Art Robbins Instruments社）

タンパク質溶液と結晶化bufferを混ぜ合わせてシッティングドロップ蒸気拡散法で結晶化します。最小で200 nlの結晶化ドロップが作成できます。結晶化の初期スクリーニングに使います。
Ishiyama Mol Cell 2017, Kori Structure 2019, Jimenji BBRC 2019, Kori BMC 2021. Shiraishi Commun Biol 2024.

精製：HPLC装置（SHIMAZU社）

ペプチド精製に使います。当研究室では天然変性タンパク質であるヒストンH3のN末端領域や複製因子PAF15を大腸菌で発現させ、最終精製にHPLCを用います。
Hata NAR 2022.

解析：CFX Connect（Bio-Rad社）

リアルタイムPCR装置。タンパク質の熱変性温度を観測し、安定性や化合物との結合の評価に使います。
Kori JMB 2020のFig 5の実験で使用しました。Kori BMC 2021.

解析：Synergy2（Biotek社）

384プレートが読み取れる蛍光プレートリーダーです。蛍光強度の観測から酵素反応の追跡が可能です。また、偏光板を入れているので、蛍光偏光解消法による蛍光プローブが付いたペプチドやDNAとタンパク質の相互作用を定量的に解析できます。
Ferry Mol Cell 2017, Kori JMB 2020. Kori BMC 2021で使用しました。

培養：昆虫細胞用培養装置

Sf9細胞の培養に使います。培養温度は27℃です。
上の段は6穴プレートなどを用いて、細胞を接着させて培養します。ウイルスの増幅時に使用します。
下の段の培養器では、フラスコに培地を入れ、細胞を浮遊させて培養します。主にタンパク質を発現させる時に使います。
大腸菌では発現しない分子量の大きいタンパク質のをSf9細胞で発現させます。

培養：INNOVA（エッペンドルフ社）

大腸菌の大量培養に使う培養機です。2台重ねて設置しています。1台で5Lフラスコ (培地2L) が4本入ります。
培養温度は発現させるタンパク質の種類によって15℃～37℃の間で行います。
※すべての論文で使用